Соединение MnGaInSe₄ синтезировано из тройных соединений MnGa₂Se₄ и MnIn₂Se₄ сплавлением в условиях вакуума. На основе порошковых дифракционных данных методом Ритвельда  уточнена его кристаллическая структура. Показано что оно кристаллизуется в тригональной сингонии c параметрами решетки: а = 3.9812(1) Å,
с = 12.9904(4) Å, V = 178.32(1) ų, пространственная группа Р-3m1. Также выявлено, что соединения MnGaInSe₄  и ZnIn₂S₄  изоструктурны.